Les fondateurs du CNIID, Nicolas de Sainte-Agathe et Pierre-Emmanuel Neurohr se sont réunis en août 1997 afin de discuter du lancement d'une nouvelle association écologiste française. Un mois plus tard, le 15 septembre, l'association faisait la une des journaux télévisés de 20 h en révélant la contamination de certains produits laitiers (yaourts, fromages, etc.) par les dioxines. Depuis, le présupposé de départ - "il y a un manque dans la société française en matière d'information indépendante sur les déchets" - s'est vérifié, puis s'est confirmé avec le temps.

Pour des raisons financières et stratégiques, la première campagne du CNIID a été de dénoncer les dangers de l'incinération. Désormais, grâce au soutien de ses adhérents, principale source de financement, le CNIID compte aujourd'hui quatre permanents :

La responsable "Administration finance"
Le chargé de campagne  "Incinération et dioxines"
La directrice qui est aussi chargée de campagne "Production propre" qui propose des solutions alternatives
La chargée de campagne "Santé et Environnement" s'intéresse aux déchets hospitaliers d'une part, et d'autre part aux pollutions intérieures, qu'elles soient domestiques ou professionnelles, en se focalisant sur le PVC et son plastifiant le DEHP notamment

Les campagnes que nous menons ont pour but d’informer sur la toxicité des déchets en général, ou sur un type de déchet particulier, de dénoncer les atteintes environnementales et sanitaires liées à leurs traitements et de proposer des alternatives saines. Nous intervenons par le biais de conférences partout en France, nous envoyons de la documentation aux personnes qui le souhaitent, nous proposons des actions …

D’autre part, le CNIID fait partie de la « Coordination nationale pour la réduction des déchets à la source », qui regroupe plus de 290 associations de terrain et dont nous assurons le secrétariat. Les associations membres combattent des incinérateurs et décharges en projet ou existants et promeuvent la réduction des déchets à la source comme solution alternative. Nous organisons pour cette Coordination 3 réunions annuelles, à Paris et en province, lors desquelles les échanges d’expériences sont nombreux et fructueux.

Enfin, nous adhérons à des réseaux transnationaux d’organisations non gouvernementales (ONG) : le réseau international Global Anti-Incineration Alliance (GAIA), dans lequel nous agissons au travers de notre campagne "Incinération et dioxines", et le réseau européen Health Care Without Harm Europe (HCWH-Eu), notre campagne "D’abord ne pas nuire" ayant les mêmes objectifs.